国家税务总局对以前《增值税专用发票使用规定》作出了重新修订，新修订的《增值税专用发票使用规定》从2007年1月1日起施行，主要有以下新的变化。

　　首先，重新明确了一般纳税人应通过增值税防伪税控系统（以下简称防伪税控系统）使用专用发票。使用包括领购、开具、缴销、认证纸质专用发票及其相应的数据电文。专用发票由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次为三联：发票联、抵扣联和记账联。其他联次用途，由一般纳税人自行确定。

　　其次，重新明确了专用发票实行最高开票限额管理。最高开票限额，是指单份专用发票开具的销售额合计数不得达到的上限额度。最高开票限额由一般纳税人申请，税务机关依法审批。最高开票限额为10万元及以下的，由区县级税务机关审批；最高开票限额为100万元的，由地市级税务机关审批；最高开票限额为1000万元及以上的，由省级税务机关审批。

　　第三，重新明确了一般纳税人有下列情形之一的，不得领购开具专用发票：（一）会计核算不健全，不能向税务机关准确提供增值税销项税额、进项税额、应纳税额数据及其他有关增值税税务资料的。上列其他有关增值税税务资料的内容，由省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局确定。（二）有《税收征管法》规定的税收违法行为，拒不接受税务机关处理的。（三）有虚开增值税专用发票、私自印制专用发票、借用他人专用发票等8种行为之一，经税务机关责令限期改正而仍未改正的。

　　第四，重新明确了一般纳税人销售货物或者提供应税劳务应向购买方开具专用发票的范围和专用发票应按要求开具的规定。1.商业企业一般纳税人零售的烟、酒、食品、服装、鞋帽（不包括劳保专用部分）、化妆品等消费品不得开具专用发票。2.增值税小规模纳税人（需要开具专用发票的，可向主管税务机关申请代开）。3.销售免税货物不得开具专用发票，法律、法规及国家税务总局另有规定的除外。同时，专用发票应按要求开具，对不符合要求的专用发票，购买方有权拒收。

　　第五，重新明确了开具红字增值税专用发票的处理。一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。

　　第六，重新明确了一般纳税人开具专用发票应在增值税纳税申报期内向主管税务机关报税期限。一般纳税人开具专用发票应在增值税纳税申报期内向主管税务机关报税，在申报所属月份内可分次向主管税务机关报税。一般纳税人注销税务登记或者转为小规模纳税人，应将专用设备和结存未用的纸质专用发票送交主管税务机关。主管税务机关应缴销其专用发票，并按有关安全管理的要求处理专用设备。被缴销的纸质专用发票应退还纳税人。

　　第七，重新明确了不得作为增值税进项税额的抵扣凭证的三种情形和暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证的三种情形。经认证，有下列情形之一的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，税务机关退还原件，购买方可要求销售方重新开具专用发票。（一）无法认证。（二）纳税人识别号认证不符。（三）专用发票代码、号码认证不符。有下列情形之一的，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，税务机关扣留原件，查明原因，分别情况进行处理。（一）重复认证。（二）密文有误。（三）认证不符。

　　第八，重新明确了一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联的处理方法。一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。同时，一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。专用发票抵扣联无法认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证。